湛江中心人民医院经过60多年发展，至2007年的内部机构设置：行政后勤为24个部门26个班组。临床医技设12个中心(心血管病诊疗中心、脑系疾病诊疗中心、心血管检查诊断中心、介入诊疗中心、耳鼻喉头颈口腔疾病诊疗中心、骨科疾病诊疗中心、肝胆胃肠疾病诊疗中心、妇产与生殖医学中、内窥镜诊疗中心、临床检验中心、医学影像中心、心血管检查诊断中心)下辖30个专科，另有19个非中心独立专科，专业涵盖各学科，设备配套完善先进。湛江市临床医学研究所、湛江市新生儿筛查中心、湛江市120急救指挥中心均挂靠在医院，另与各院校、专业研究机构建立多个协作机构。